La defensa señaló que Alejandro Encinas no contaba con facultades para investigar supuestos mensajes que ligan a elementos del Ejército con la desaparición forzada de los normalistas.
Los abogados de los militares acusados del caso Ayotzinapa consideraron que Alejandro Encinas debe ser procesado judicialmente por haber manipulado pruebas para inculpar a los efectivos del Ejército.