La denuncia penal pide determinar la culpabilidad de la destrucción de los 47 monumentos arqueológicos, y solicita investigar la actuación de 26 funcionarios del Instituto Nacional de Antropología e Historia involucrados en el caso, entre ellos, Diego Prieto Hernández, exdirector del INAH; Manuel Pérez Rivas, director del salvamento arqueológico del Tren Maya; y a miembros del Consejo de Arqueología, dirigido actualmente por Patricia Ledesma Gallegos.